西湖大学质谱及代谢平台是生物医学实验技术平台下属的重要二级平台，位于云栖校区1号楼北面一层（114~121房间），总占地面积约500余平方米，目前配备5位专业技术人员。质谱及代谢平台一直致力于为用户提供先进的质谱、色谱仪器与技术，开展蛋白质组学与代谢组学研究的测试分析服务。平台工作人员积极与各院系实验室的学生、博士后及工作人员互动，参与到各类研究课题当中，提供从样品制备、上机检测到数据分析的一系列服务。平台不仅可以接收校内样品，并且还可以与校外研究人员进行样品测试和科研合作。

质谱及代谢平台仪器主要有ThermoFusion Lumos和Q-Exactive HF-X（以Orbitrap为检测器），用于蛋白质组学和大分子蛋白研究；Q-TOF类机器，如WatersSynapt G2-Si和Agilent6545，用于代谢组学和小分子检测。除了以上提到的高分辨液质联用系统以外，平台还配备了MALDI-TOF/TOF，三重四极杆质谱以及相关辅助的液相系统，以提供多样的质谱和色谱类服务。

平台工作人员致力于在细胞生物学、癌症生物学、神经生物学、合成化学、环境科学、材料科学以及生物医学等多个研究领域积极与客户开展合作项目，以试图解决多样而富有挑战性的科学问题。其中的一个主要研究领域是针对细胞或组织进行全面的蛋白质翻译后修饰（PTM）的组学分析，包括磷酸化修饰、泛素化修饰等；同时平台也在进行开发富集那些不常见的PTM的方法学研究，例如谷胱甘肽化和硝基化等。另一个平台正在积极展开的方向是蛋白与蛋白之间、蛋白质复合物相互作用研究，发展蛋白质交联技术、天然质谱以及亲和蛋白质组学等技术手段，这些为生物化学、化学生物学和结构生物学方向的研究提供了有力的技术支持。